特殊教育研究院是南京特殊教育师范学院设立的重点科学研究机构，以特殊教育发展及管理中的学术前沿问题及重大理论与现实问题为研究重点，以系列研究课题为纽带，形成了高水平的专业研究团队，力争把研究院建设成为跨学科、跨单位、国际化的高水平、开放式、有特色的研究机构。

特殊教育研究院现有专职研究人员5名，均为博士、博士后，其中二级教授1名、副教授2名、校聘副教授1名、新进博士1名，来自北京师范大学、华东师范大学、南京大学、东北大学、首都经贸大学、沈阳师范大学等高校的兼职研究人员15名，围绕江苏省高校重点研究基地的主要建设方向，形成了特殊教育行政管理、比较特殊教育、高等特殊教育、特殊教育课程与教材、特殊人群德育、孤独症研究等研究方向。为了彰显我校研究院的研究特色，特殊教育行政管理研究主要致力于特殊教育管理理论与改革研究、特殊教育管理热点及学术前沿、特殊教育政策与法律、特殊教育教师管理与培养培训、中国共产党特殊教育史论、特殊教育国家一流专业建设路径与举措等研究；高等特殊教育研究主要致力于高等特殊教育行政管理、残疾大学生美术疗愈、音乐疗愈、高等特殊教育国际比较研究；特殊教育课程与教材研究主要致力于特殊教育课程与教学改革、特殊教育教材的国家形象塑造与建构研究；特殊人群德育研究主要开展马克思主义理论与残疾人发展、特殊人群思想道德教育、特殊教育课程思政建设研究；此外，兼职人员还致力于特殊儿童筛查与评估、孤独症儿童、阿斯伯格综合征、语言低常与超长儿童教育、家校共育及融合教育过程中的德育、江苏地方手语调查与保护研究、特殊教育投入、特殊教育发展的社会学及聋人大学生身份认同与教育关联度、特殊儿童视觉审美认知、融合教育背景下我国残疾人高考招生政策、江苏省培智教育发展现状调查、江苏省听障大学生教育与就业现状调查、江苏特殊教育音乐治疗与康复应用研究等领域的实证研究与理论研究。

特殊教育研究院现已拥有江苏高校哲学社会科学重点研究基地“江苏省特殊教育发展研究院”、江苏家政学会特殊人群福祉与教育研究分会、南京特殊教育师范学院“课程思政教学研究中心”，主要研究成果发表在《人民日报》《光明日报》《中国教育报》《教育研究》《中国行政管理》《教育发展研究》等权威期刊与报刊以及《中国特殊教育》《残疾人研究》《现代特殊教育》等特殊教育及残疾人事业研究的专业性期刊，成果曾多次荣获省哲学社会科学优秀成果二等奖、三等奖，省教育科学优秀成果一等奖，特殊教育研究院曾荣获江苏省“教育科学研究先进集体”称号。（更新至2021年11月）